Ein methodischer Schwerpunkt am Evangelischen Johanniter-Gymnasium Wriezen ist das Projektlernen, wofür mehrere Projektbereiche eingerichtet und von einer Lehrkraft bzw. einem Team betreut werden. Die Realisierung erfolgt z.T. in Zusammenarbeit mit Kooperationspartnern der Region.
Neben 
einzelnen Projekten innerhalb des Fachunterrichts gibt es einmal jährlich zum Ende des 1. Schulhalbjahres eine Projektwoche für alle Schüler.
Für die 7. und 8. Klassen wird zusätzlich einmal pro Woche Projektunterricht angeboten, in dem sie die Möglichkeit haben, sich mit Themen zu befassen, die außerhalb des nromalen Fachunterrichts stehen.
Hinzu kommen immer wieder Sonderprojekte, mal im Klassenverband, mal klassenübergreifend mit verschiedenen ausserschulischen Institutionen.
